De ELS Academy heeft een bestuur bestaande uit vertegenwoordigers van de coördinerende universiteiten. Momenteel bestaat dat bestuur uit:

• Helen Pluut (Universiteit Leiden, directeur)
• Arno Akkermans (VU Amsterdam)
• Marc Hertogh (Rijksuniversiteit Groningen)
• Sonja Bekker (Universiteit Utrecht)
• Peter Mascini (Erasmus Universiteit Rotterdam)