De ELS Academy heeft een bestuur bestaande uit vertegenwoordigers van de coördinerende universiteiten. Momenteel bestaat dat bestuur uit:
- Helen Pluut (Universiteit Leiden, directeur)
- Arno Akkermans (VU Amsterdam)
- Marc Hertogh (Rijksuniversiteit Groningen)
- Sonja Bekker (Universiteit Utrecht)
- Peter Mascini (Erasmus Universiteit Rotterdam)